La función setup() es llamado cuando inicia el sketch, usalo al iniciarlizar las variables, modos de los pines, iniciar usando librerías, etc. La función setup() unicamente correra solo una vez, antes de cada encendido o reset de la tarjeta Arduino.

un ejemplo sería:

int boton=  3;

void setup()
{
  Serial.begin(9600);
  pinMode(buton, INPUT);
}

void loop()
{
  // ...
}

Después de crear una función setup(), lo cual inicializa y agrega los valores iniciales, la función loop() hace precisamente los nombres que sugieres, y ciclos consecutivos, permitiendo a tu programa a cambios y respuestas, usalo al control activamente en la plataforma Arduino.

Ejemplo:

int boton=  3;
int LED = 4;
void setup()
{
  Serial.begin(9600);
  pinMode(buton, INPUT);
pinMode(LED,OUTPUT);
}

void loop()
{
  if (boton = = HIGH){
    digitalWrite(LED,HIGH);
  }
else
     { 
digitalWrite(LED,LOW);
     }
}